Kehadiran PT. Wapoga Mutiara Timber dalam kegiatan pengelolaan hutan dapat menimbulkan dampak terhadap lingkungan, berupa dampak positif dan negatif. Kegiatan pengusahaan hutan yang menimbulkan dampak ini dibagi menjadi 3 (tiga) tahap yaitu : (1). Persiapan, (2). Jangka Waktu pengusahaan dan (3). Pengusahaan selanjutnya. Kegiatan yang terutama akan menimbulkan dampak penting adalah kegiatan pada tahap pengusahaan selanjutnya berupa Pembukaan Wilayah Hutan, Penebangan, Pembinaan Hutan, Perlindungan Hutan, Penerimaan Tenaga Kerja, Pembangunan Fasilitas Kerja dan Kegiatan Sosial.

Dampak Negatif yang mungkin akan timbul dengan adanya pengusahaan hutan yaitu terjadinya konflik sosial yang berkaitan dengan masalah kepemilikan tanah adat, erosi pada jalan sarad dan jalan cabang serta perubahan habitat satwa liar.

Dampak Positifnya yaitu dengan pembukaan wilayah hutan akan membuka daerah terisolasi yang akan menimbulkan iklim kondusif bagi pertumbuhan ekonomi serta peningkatan kesempatan kerja dan berusaha di dalam dan sekitar areal PBPH, selain itu peremajaan hutan dengan teknik pembinaan dapat mengembalikan nilai hutan.

Pembinaan Hutan yang dilakukan Unit Managemen (UM) diperkirakan akan meningkatkan intensitas penutupan lahan yang lebih lanjut akan memperbaiki kelestarian produksi serta menekan laju erosi tanah. Program kegiatan sosial yang dilaksanakan UM juga akan bermanfaat langsung terhadap masyarakat disekitar areal PBPH PT. Wapoga Mutiara Timber.

Luas PBPH PT. Wapoga Mutiara Timber adalah 169.170 Ha dimana sesuai dengan RKUPHHK rencana tebangan maksimum adalah seluas 50.698 ha/10 tahun dengan volume maksimum 2.861.958 m3/10 tahun.

Sesuai dengan peraturan perundang-undangan, PT. Wapoga Mutiara Timber diwajibkan melaksanakan pengelolaan hutan alam produksi lestari (sustainable forest management). Sampai saat ini PT. Wapoga Mutiara Timber sedang dan terus melakukan berbagai langkah penyempurnaan dalam pengelolaan hutan alam produksi, agar dapat memperoleh sertifikat pengelolaan hutan alam produksi lestari melalui skema mandatory.  Di samping itu dalam jangka panjang PT. Wapoga Mutiara Timber juga akan berupaya untuk mendapatkan sertifikat pengelolaan hutan alam produksi lestari melalui skema voluntary.

Untuk itu selain melakukan berbagai perbaikan secara internal, PT. Wapoga Mutiara Timber juga bekerja sama dengan berbagai lembaga yang concern terhadap isu-isu lingkungan, khususnya pengelolaan hutan secara lestari. Berbagai kerjasama telah dilakukan, antara lain :

• Dengan Tropical Forest Trust, sebuah lembaga non profit yang concern terhadap praktik pengelolaan hutan secara lestari dan perdagangan kayu dari sumber-sumber yang dikelola secara lestari, yaitu dalam Implementasi log tracking (chains ofcostudy/CoC), untuk memastikan bahwa hasil hutan kayu yang dipasarkan berasal dari sumber-sumber yang sah dan legal. Dalam hal ini PT. Wapoga Mutiara Timber telah mendapatkan pengakuan dari lembaga sertifikasi internasional yaitu melalui sertifikat Forest Stewardship (FSC).

• Dengan Tropical Forest Foundation (TFF) di bidang implementasi pembalakan ramah lingkungan (Reduced Impact Logging – RIL).

• Dengan berbagai praktisi kehutanan yang kompeten untuk memperbaiki kinerja di bidang pengelolaan hutan.